小飞鼠体小，体长小于200mm。吻较钝。眼大，耳正常，四肢粗短。前足掌裸露，具掌垫和指垫，后足蹠部被毛，无蹠垫，而仅具4个趾垫。尾扁平，尾毛呈羽状排列。雌性乳头4对，即胸部2对，腹部2对。
小飞鼠冬夏毛两色，夏毛背面褐灰色，毛基灰黑色，毛尖端棕灰色；在背毛中杂有基部黑色、上段灰色、尖端黑色的针毛，使整个背面呈现灰黑色波纹。飞膜与体背色基本一致。腹面为灰色，针毛毛基淡灰色，尖端白色。眼眶周围具黑棕色眼圈。耳被淡棕色短毛。四足背面棕色，足蹠被以淡棕黄色毛。尾背、腹中央有1条深褐色略染灰色的条纹，两侧橙黄色。冬毛较夏毛浅，呈淡黄或黄灰色。 [2]
小飞鼠头骨颅全长不超过41mm。吻短，仅及颅全长的1/4。脑颅部凸圆，眶上突前具1个缺刻，眶上突沿眼眶向后突出。颧弓较平。鼻骨较短，其末端小于前颌骨末端之宽。听泡较大，其长大于上齿列之长。枕骨大孔呈近圆形。 [2]
小飞鼠门齿的前方光滑面稍微突出。第1上前臼齿很小，第2上前臼齿很大，其齿冠面略大于其后的臼齿齿冠面。臼齿低冠型，咀嚼面十分清晰，与松鼠科的臼齿原型极为相似。齿式=22。 [2]
小飞鼠体小，体长小于200mm。吻较钝。眼大，耳正常，四肢粗短。前足掌裸露，具掌垫和指垫，后足蹠部被毛，无蹠垫，而仅具4个趾垫。尾扁平，尾毛呈羽状排列。雌性乳头4对，即胸部2对，腹部2对。
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小飞鼠冬夏毛两色，夏毛背面褐灰色，毛基灰黑色，毛尖端棕灰色；在背毛中杂有基部黑色、上段灰色、尖端黑色的针毛，使整个背面呈现灰黑色波纹。飞膜与体背色基本一致。腹面为灰色，针毛毛基淡灰色，尖端白色。眼眶周围具黑棕色眼圈。耳被淡棕色短毛。四足背面棕色，足蹠被以淡棕黄色毛。尾背、腹中央有1条深褐色略染灰色的条纹，两侧橙黄色。冬毛较夏毛浅，呈淡黄或黄灰色。 [2]
小飞鼠头骨颅全长不超过41mm。吻短，仅及颅全长的1/4。脑颅部凸圆，眶上突前具1个缺刻，眶上突沿眼眶向后突出。颧弓较平。鼻骨较短，其末端小于前颌骨末端之宽。听泡较大，其长大于上齿列之长。枕骨大孔呈近圆形。 [2]
小飞鼠门齿的前方光滑面稍微突出。第1上前臼齿很小，第2上前臼齿很大，其齿冠面略大于其后的臼齿齿冠面。臼齿低冠型，咀嚼面十分清晰，与松鼠科的臼齿原型极为相似。齿式=22。 [2]