屋顶鼠体形细长，尾长大于体长，耳大而薄，向前拉可达眼的中央。前足拇指退化，只残留1个结节，掌垫5。后足细而长，一般在30-35毫米，蹠垫6。尾部鳞环明显，生有极细而稀的小毛。乳头5对，胸部2对，鼠蹊部3对。 [2]
屋顶鼠有两个主要色型，即黑色型与棕褐色型。黑色型背毛黑色，带光泽，毛基灰白色，毛尖黑色；腹毛铅灰色；尾暗黑色，背、腹面色泽均匀。棕褐色型背毛为暗灰黄褐色，在背中线上带有黑色毛尖的毛较多；体侧色较淡，腹毛为灰白色；尾部颜色较深，背、腹面一色。 [2]
屋顶鼠脑颅平而宽，鼻骨长。眶上脊发达，颞脊向外扩展呈弧形，左、右颞脊在顶问骨后缘处会合。顶间骨大。门齿孔短而宽，其后缘超过上臼齿列前缘水平。颧弓细弱，向下倾斜。听泡较发达，枕骨近长方形。 [2]
屋顶鼠第一上臼齿前脊与中脊均具有3齿突，后脊无内侧齿突。第二上臼齿前脊缺外侧与中间的齿突，中脊正常，后脊内侧齿突不显著。第三上臼齿的前脊仅有内侧齿突，中、后脊在外侧愈合，形成一个横置的马蹄铁状。
屋顶鼠体形细长，尾长大于体长，耳大而薄，向前拉可达眼的中央。前足拇指退化，只残留1个结节，掌垫5。后足细而长，一般在30-35毫米，蹠垫6。尾部鳞环明显，生有极细而稀的小毛。乳头5对，胸部2对，鼠蹊部3对。 [2]
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屋顶鼠第一上臼齿前脊与中脊均具有3齿突，后脊无内侧齿突。第二上臼齿前脊缺外侧与中间的齿突，中脊正常，后脊内侧齿突不显著。第三上臼齿的前脊仅有内侧齿突，中、后脊在外侧愈合，形成一个横置的马蹄铁状。