蒙古马鹿是所有的马鹿亚种中体型最小的，体长200 - 230厘米；肩高100 - 130厘米；尾长25 - 40厘米；体重145 - 300公斤。夏毛短，通体呈赤褐色；冬毛灰棕色。蒙古马鹿是所有马鹿亚种中毛色着色最轻的，毛发偏红，臀部的浅黄色范围较大，尾巴较小。腿细长，善奔跑。角是雄鹿的第二特征，同时是争偶的武器，其生长与脱落受脑下垂体和睾丸激素的影响。鹿角是以骨头组成，以每天2.5厘米的速率成长。鹿角在成长时，会覆盖上一层有保护作用，柔软而多血管分布的皮肤，其被称作绒毛状皮。
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