海蛇喜欢在大陆架和海岛周围的浅水中栖息，在水深超过100米的开阔海域中很少见。它们有的喜欢呆在沙底 或泥底的混水中，有些却喜欢在珊瑚礁周围的清水里活动。海蛇潜水的深度不等，有的深些，有的浅些。曾有人在四五十米水深处见到过海蛇。浅水海蛇的潜水时间一般不超过30分钟，在水面上停留的时间也很短，每次只是露出头来，很快吸上一口气就又潜入水中了。深水海蛇在水面逗留的时间较长，特别是在傍晚和夜间更是不舍得离开水面了。它们潜水的时间可长达2～3个小时。海蛇具有集群性，常常成千条在一起顺水漂游，便于捕捞。还具有趋光性，晚上用灯光诱捕收获更多。海蛇具有趋走和集群的习性，常常成千上万条集聚在一起顺流漂游。所以海蛇的生育交配是极为壮观的，每当繁殖季节来临，常有成群的雌、雄海蛇聚集在一起，有时数量可以多到数百万条，相互追逐，随波逐浪不断前进，其队伍有时可以绵延数公里之长。当它们聚集在港口处，甚至连船舶也难以正常航行。据报导，在马六甲海峡，曾经出现过一次海蛇汇集在一起，拍成了一米宽60海里长的“一”字形长蛇阵，井井有条，浩浩荡荡，其场面甚为壮观。