身长一般超过1米。水巨蜥是我国蜥蜴中最大的一种，也是世界第二蜥蜴，仅次于科莫多龙。长可超过2米，马来西亚曾经有2.7米的记录。尾长约占五分之三。全身密被细小鳞片，头窄长，吻较长，尾侧扁如带，四肢粗壮。鼻孔在近吻端处。舌较长，前端分叉较深。尾背鳞片突起形成两列嵴。背面为黑色，杂有黄色斑纹。腹面为淡黄色或灰色，散有少数黑色斑纹。尾部则为黑黄相间的环纹。
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